come into one's own それ自身の中に来る→真価を発揮する

意味：価値を認められる、本領を発揮する

＜例＞

Once the system is introduced and starts working online, then the program will come into its own.

（システムが導入されてオンラインで稼動するようになれば、このプログラムは真価を発揮するだろう。）

「それ自身の中に来る」という英語だけを見たのでは、何を言っているのかとても想像がつきません。

この表現については「its own」を「本来あるべき姿、目指す状態」と考えると、意味をとらえやすくなると思います。

「本来あるべき姿」のなかに入り込む（come into）ことで、ようやく能力を発揮し、その価値が認められるようになることを表すものです。

またひとつの存在として認められた状態になることから、「独立する」という意味で使われることもあるようです。